primer name

sequence

Nicotiana

Arabidopsis

Populus

Oryza

Eucalyptus

Acorus

Atropa

Marchantia

Spinacia

Pinus

Oenothera 2

Zea 2

Medicago 2

ccSSR-06 F

CGACCAATCCTTCCTAATTCAC

26724

25542

25072

19995

27576

26256

26491

24831

40138

22249

88398

ccSSR-06 R

AGAAAAGMAAGGATATGGGCTC

27022

25370

19697

27874

26554

26789

25129

25469

39840

21951

89245

rpoB-r3

AATCAGATACARTTTGAAGG

27466

26284

25814

28318

0

27233

25573

39393

0

trnCF Saltonstall

GRTAAAGGATTTGCAGTCCC

28838

27418

27123

18084

29656

28131

28631

5675

26763

26427

38084

20150

90851

trnC-f

CCAGTTCAAATCTGGGTGTC

28841

27420

27125

18082

29658

0

28634

5673

26765

67748

38082

20148

90853

ycf6F Shaw

ATGGATATAGTAAGTCTYGCTTGGGC

29535

28089

27541

17645

30570

0

29339

28370

37144

19170

91799

ORF29R Saltonstall

ATATAGTAAGTCTCRCTTGGGC

29539

28093

27545

17641

30574

0

29343

0

19166

91803

ycf6 f

CTTGGGCTGCTTTAATGG

29554

28108

27560

17626

30589

29056

29358

5238

27304

26797

37125

19151

0

CD-D Poplar

TTGGGCTGCTTTAATGGTAG

29555

28110

27561

17625

30590

29057

29359

5237

27305

26798

37124

19150

91819

ycf6R Shaw

GCCCAAGCRAGACTTACTATATCCAT

29560

28114

27566

17620

30595

0

29364

37119

19145

91824

ycf6 r1

CATTAAAGCAGCCCAAGC

29570

28124

27576

17610

30605

29072

29374

5222

27320

26813

37109

19135

0

ycf6 r2

TACCATTAAAGCAGCCCAAG

29573

28127

27579

17607

30608

29075

29377

5219

27323

26816

37106

19132

0

psbM-f1

AATAGTGCAGTAGCAATAAATGC

30821

28771

28996

16725

31686

30173

30580

4041

28330

27830

36044

18215

92850

psbMF Shaw

AGCAATAAATGCRAGAATATTTACTTCCAT

30832

28782

29007

16714

31694

30181

30591

4030

28341

27841

36036

18207

0

psbM-f2

ATAAATGCAAGAATATTTACTTCC

30836

28786

29011

31698

30185

30595

28345

27845

36032

18203

42674

psBM-r1

GTAAATATTCTTGCATTTATTGC

30855

28805

29030

16694

31717

30204

30614

4007

28364

27864

36013

18184

42655

psbMR Shaw

ATGGAAGTAAATATTCTYGCATTTATTGCT

30861

28811

29036

16685

31723

30210

30620

4001

27870

36007

18178

0

trnD-P

ACCAATTGAACTACAATCCC

31988

29855

30324

16250

32883

30788

31765

36465

29159

34871

17072

93341

trnD-M

GGGATTGTAGTTCAATTGGT

32007

29874

30343

16231

32902

30807

31784

36484

29178

34852

17053

93360

trnY(GUA) Shaw

CCGAGCTGGATTTGAACCA

32120

30327

30812

15863

33351

31148

31897

36566

29587

28734

34369

16700

93753

trnD+420 f

AACCAGCGTAGACATATTGC

32134

30341

30826

15849

33365

31162

31911

29601

28748

34355

16686

93767

trnE Doyle

GCCTCCTTGAAAGAGAGATG

32287

30494

30979

15694

33518

31320

32064

36743

29759

28896

34201

16531

93921

trnE Saltonstall

CTCCTTGAAAGAGAGATGTCC

32289

30496

30981

15692

33520

31322

32066

36745

29761

28898

34199

16529

93923

trnE R

CATCTCTCTTTCAAGGAGGC

32306

30513

30998

15675

33537

31339

32083

36762

29778

28915

34182

16512

93940

trnE(UUC) Shaw

AGGACATCTCTCTTTCAAGGAG

32310

30517

31002

15671

33541

31343

32087

36766

29782

28919

34178

16508

93944

NTCP16-r

TGAAATTGTCAATATAATCGA

32381

30588

31073

15575

33622

31414

32158

29852

0

55751

94019

trnT-f

GCCCTTTTAACTCAGTGGTA

33180

31369

31264

15060

34472

31882

32977

38367

30262

50236

33928

15887

94578

trnT Saltonstall

ACTCAGTGGTAGAGTAATGCC

33189

31378

31273

15069

34481

31891

32986

38376

30271

33919

15896

94587

trnT-M(P*)

CTACCACTGAGTTAAAAGGG

33200

31389

31284

15080

34492

31902

32997

38387

30282

50216

33908

15907

94598

trnTR Saltonstall

ATGACTTATGCCTTACCATGGC

33228

31417

31312

15108

34520

31930

33025

30310

50188

33880

15935

94626

trnM-r

TTGGATTTGAACCAAYGACTC

33242

31431

31326

15191

56145

53825

33039

95156

30322

11582

54083

114828

psbD 5' Tsumura

TATGACTATAGCCCTTGGTA

34469

32710

32774

8899

35991

33318

34224

38854

31506

82573

32441

9082

96074

psbD Doyle

TACCAAGGGCTATAGTCAT

34488

32729

32793

8918

36010

33337

34243

38873

31525

82556

32422

9101

96093

psbD-40F

ATGACTGGTTACGRAGGGACCG

34528

32769

32833

8960

36050

33377

34283

31565

32382

9141

96133

psbD-41R

ATTGASACCAACGAGTAAAATC

34791

33032

33096

9221

36313

33640

34546

39176

31828

32119

9404

4011

psbD-44F

GGKGTTGCTTTTTCCAATAAACG

35244

33485

33549

9674

36766

34093

34999

39629

32281

81798

31666

9857

96849

psbD-B44R

CGTTTATTGGAAAAAGCAACCCC

35266

33507

33571

9696

36788

34115

35021

39651

32303

81776

31644

9879

96871

psbDC-45R

CCTCCTCAGGGAATATAAGRTTTTCAT

35505

33746

33810

9935

37027

34354

35260

32542

81537

31405

10118

97110

psbD 3' Tsumura

TAGAACCTCCTCAGGGAAT

35510

33751

33815

9940

37032

34359

35265

39895

32547

81532

31400

10123

97115

psbCf

GGTCGTGACCAAGAAACCAC

35551

33792

33856

9981

37073

34400

35306

39936

32588

81491

31359

10164

97156

psbC-46F

GGTTTYGCTTGGTGGGCYGGGAATGC

35572

33813

33877

10002

37094

34421

35327

39957

32609

81470

31338

97177

psbC-47R

CATAACCRAAGAAKGGAAAAGATTC

35926

34167

34231

10356

37448

0

35681

40311

32963

81116

30984

10539

97531

psbC-48F

TTAGGTATTCACYTAATYTTGTTAGG

35959

34264

10792

0

34808

35714

40344

33399

30951

97564

psbC2-P

TTAACCAAACCCTTCGCATG

36235

34540

10665

37757

35084

35990

80807

2909

24047

0

psbC-49R

GTATTATTGAACCAGACAAAACAACAAGC

36362

34603

34667

37884

35211

36117

36117

80680

30548

10975

97967

psbC-r

GAGCTTGAGAAGCTTCTGGT

36415

34656

34720

10845

37937

35264

36170

33452

30495

11028

98020

psbC-51R

GCTAACCAACTTCTAGGRGARACAT

36758

34999

35063

11188

38280

35607

36513

41143

35065

30152

11371

98363

ccSSR-07 F

CGGGAAGGGCTCGKGCAG

36812

35053

35117

38334

0

36567

33849

80230

30098

0

NTCP18-f

CTGTTCTTTCCATGACCCCTC

36872

35113

35177

11302

38394

35721

36627

80170

30038

11485

0

trnS-P

GAGAGAGAGGGATTCGAACC

37142

35314

35443

11505

38663

8160

36893

41409

34190

51834

29797

11671

98728

trnS(GCU) Shaw 3

AGATAGGGATTCGAACCCTCGGT

37144

35317

35446

11508

8914

8163

36896

34193

70445

19691

8017

70990

ccSSR-07 R

GTTCGAATCCCTCTCTCTCCTTTT

37160

35332

35461

11523

38681

35989

36911

41427

34208

79932

29779

11689

98746

trnS-M

GGTTCGAATCCCTCTCTCTC

37161

35333

35462

11524

38682

8179

36912

41428

34209

51815

29778

11690

98747

trnS1-PP

CGAGGGTTCGAATCCCTCTC

37165

35337

35466

11528

8934

0

36916

48907

34213

51811

19711

8037

71010

trnS-SC-FF

TACCGAGGGTTCGAATC

37168

35340

35469

11528

8937

8186

36919

48904

34217

51808

19714

8040

71013

trnS(GGA) Shaw 3

TTACCGAGGGTTCGAATCCCTC

37169

35341

35470

11532

49023

45760

36920

34217

51807

19715

46847

108152

trnS1-MM

AACCACTCGGCCATCTCTCCTA

37212

35384

35511

11571

48985

36042

36964

22909

34261

70507

19753

46809

108113

trnS0rr

GGGAGAGATGGCTGAGTGGAC

37232

35404

35531

11591

8997

8246

36984

41495

34281

51748

58481

8100

71072

ORF62-P

CTTGCTTTCCAATTGGCTGT

37600

35757

35913

11943

39108

0

37339

41653

34650

79571

29355

12023

0

ycf9-M

CAAAMACAGCCAATTGGAAAGC

37624

35781

35937

11967

39132

0

37363

41677

34674

29331

12047

0

trnG Doyle

TTGCCAAGGAGAAGATGCG

38088

36520

36726

12361

40013

36937

37827

42065

35189

79129

28794

12539

99924

trnG-P

GCCAAGGAGAAGATGCGGG

38090

36522

36728

12363

40015

36939

37829

42067

35191

79127

0

12541

99926

trnG1ff

CGGGTTCGATTCCCGCTACC

38105

36537

36743

36097

10602

9979

37844

21407

35206

56755

13268

72179

trnG-M

AACCCGCATCTTCTCCTTGG

38110

36542

36748

12383

40035

36959

37849

35211

79107

0

12561

99946

3'trnG(UUC) 2

GTAGCGGGAATCGAACCCGCATC

38123

36555

36760

36079

10620

9997

37862

21389

35224

79094

56737

13250

72197

trnfM-f

GAACCCGTGACCTCAAGGTTATG

38373

36721

36955

12856

40243

0

38121

42173

35437

78942

28470

13090

100084

trnfM Doyle

TGACCTCAAGGTTATGAGCC

38380

36728

36962

12863

40250

37142

38128

42180

35444

78935

28554

13097

100091

trnfM-M

CATAACCTTGAGGTCACGGG

38395

36743

36977

12878

40265

37157

38143

42195

35459

78920

28448

13112

100106

rps14-FOF

CATTTCACGAAGTATGTGTCCG

38624

37227

36354

40505

0

38372

42378

35691

78711

28188

38708

100356

rps14 Doyle

CTATCCGGACACATACTTCG

38650

37248

36380

40531

37424

38398

78685

28162

38734

100382

psaA-B1

TCTCCCTCTGAATCAAAC

38851

37449

36590

40732

0

38599

35918

27961

38944

0

rps14 (psaB2)

TCTCCCTCTGAATCAAAC

38851

37449

36590

40732

0

38599

35918

27961

38944

0

psaB-FOF

TGGCGTGGATATTGGCAGGA

39210

37581

37804

36974

41096

37999

38958

42930

36276

78103

27603

39325

100943

psaB 11

GGCAGGGTAACGTTTCAC

39404

37775

37998

41290

39152

psaB 9

TGAAGATAATGTATTGGC

40000

38594

37764

41886

38789

39748

37066

77313

26813

40115

101733

psaA-f Tsumura

AAGAATGCCCATGTTGTGGC

41262

39633

39856

39026

43148

40051

41010

44983

38328

76052

25551

41380

102995

psaA Saltonstall

TCGAAATCGTGAGCATCAGC

43317

41688

41911

41081

45203

42106

43065

47038

40383

73997

23493

43435

105050

psaA-ycf3 PG1f

CATTCCTCGAACGAAGTTTTTACGGGATCC

43410

41781

42004

45296

0

43158

40476

23400

0

psaA-f

ACTTCTGGTTCCGGCGAACGAA

43458

41829

42052

41222

45344

42247

43206

47179

40524

73847

23352

43576

105215

psaA-r Tsumura

TTCGTTCGCCGGAACCAGAA

43479

41850

42073

41243

45365

42268

43227

47200

40545

73826

23331

43597

105236

psaA-r

ATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGT

43480

41851

42074

41244

45366

42269

43228

47201

40546

73825

23330

43598

105237

trnD(GUC)R Shaw

GGGATTGTAGYTCAATTGGT

46998

42277

33834

46666

87997

psaA-ycf3 PG2r

TCCCGGTAATTATATTGAAGCGCATAATTG

44296

42641

42755

46204

42951

44081

47542

41198

22584

44275

105953

ORF170 Saltonstall

TCTCAAGTACGGTTCTAGG

44437

42782

42896

42050

46345

43092

44222

41349

72994

22442

44412

106095

ccSSR-08 F

TTGATCTTTACGGTGCTTCCTCTA

44933

43292

43405

42504

46783

43542

44703

41832

21957

44873

106540

NTCP19-f

AATCGTTGTTTTAGACGATGC

45063

43528

44833

44996

ccmp6-f

CGATGCATATGTAGAAAGCC

45078

43434

43544

46925

43680

44848

72427

21815

45010

106686

ccmp6-r

CATTACGTGCGACTATCTCC

45180

43529

43644

42744

47039

43780

44945

42065

72346

21705

45108

106799

ccSSR-08 R

TCATTACGTGCGACTATCTCC

45181

43530

43645

42745

47040

43781

44946

42066

72345

21704

45109

106800

NTCP19-r

GAAACCCATTCTTACCACAAG

45227

43691

42791

43827

44992

42112

72299

trnT2 Saltonstall

CTGTAGGTGTAACCTTTCGC

45915

44388

43490

47770

39524

45680

42822

71607

20974

45852

107531

ccSSR-09 F

GAGGATACACGACAGARGGARTTG

45985

44454

43555

47835

44584

45751

42894

71538

20909

107597

ccSSR-09 R

CCTATTACAGAGATGGTGYGATTT

46157

44482

44608

48037

44764

45923

43082

71381

20750

107746

NTCP20-r

TTACGAGTAATTCCGACAACTT

46200

44525

44651

43771

48080

0

45966

43125

20707

46126

107789

trnS0rrr

GGGAGAGATGGCTGAGTGGAC

47118

44826

45277

8997

8246

46779

44023

79864

58481

8100

71072

trnS1-M

AACCACTCGGCCATCTCTCCTA

47138

44846

45297

44457

48985

36042

46799

41475

44043

79884

19753

46809

108113

trnS(GGA) Shaw

TTACCGAGGGTTCGAATCCCTC

47176

44884

45335

44495

49023

45760

46837

22951

44081

70469

19715

46847

108152

trnS-SC-FFF

TACCGAGGGTTCGAATC

47177

44885

45336

44496

8937

8186

46838

44082

70468

19714

8040

71013

trnS1-P

CGAGGGTTCGAATCCCTCTC

47180

44888

45339

44499

8934

8183

46841

22954

44085

70465

19711

8037

71010

trnS-MMM

GGTTCGAATCCCTCTCTCTC

47184

44892

45343

44503

38682

8179

46845

48911

44089

79931

29778

11690

98747

NTCP7-rr

CGAATCCCTCTCTTTCCG

47188

44896

45347

44507

8926

45772

46849

48915

44093

70457

19703

8029

71002

trnS(GCU) Shaw 2

AGATAGGGATTCGAACCCTCGGT

47200

44908

45359

44519

8914

8163

46861

48923

44105

51831

19691

8017

70990

trnS-PPP

GAGAGAGAGGGATTCGAACC

47203

44911

45362

44522

38663

8160

46864

48930

44108

79950

29797

11671

98728